Влияние степени окисления остатка Сys34 альбумина на взаимодействие белка с параоксоном по данным молекулярного моделирования [] / Д. А. Белинская, М. А. Терпиловский, А. А. Баталова, Н. В. Гончаров // Биоорганическая химия. - 2019. - Т. 45, № 6. - С. 640-649 : 6 рис., 1 табл. - Библиогр.: с. 648-649 (41 назв. ). - Научная библиотека Дагестанского государственного университета. - code, bioc. - year, 2019. - to, 45. - no, 6. - ss, 640. - ad, 1. - d, 2019, , 0, y. - RUMARS-bioc19_to45_no6_ss640_ad1 . - ISSN 0132-3423
Рубрики: Биология Общая биохимия Здравоохранение. Медицинские науки Другие внутренние болезни Кл.слова (ненормированные): Больцмана - Пуассона уравнение -- Пуассона - Больцмана уравнение -- меркаптоальбумин -- молекулярная динамика -- молекулярное моделирование -- параоксон -- свободная энергия связывания -- степень окисления остатка -- сывороточный альбумин человека -- уравнение Больцмана - Пуассона -- уравнение Пуассона - Больцмана Аннотация: Методами молекулярного моделирования исследовали влияние степени окисления свободного цистеина Cys34 альбумина человека на связывающую и каталитическую активность белка по отношению к параоксону. Рассмотренно три модели степени окисления цистеина: 1) Cys34 восстановлен, 2) Cys34 окислен до сульфеновой кислоты и 3) Cys34 окислен до сульфиновой кислоты. Конформационные характеристики комплексов альбумина с параоксоном в сайтах Садлоу I и Садлоу II изучали методом молекулярной динамики. Возможность реакции фосфорилирования оценивали по расстоянию между атомом фосфора параоксона и гидроксильным атомом кислорода каталитических тирозинов сайтов Садлоу I и II. Свободную энергию связывания параоксона с альбумином оценивали методом, сочетающим использование молекулярной механики и решение уравнения Пуассона - Больцмана (molecular mechanics - Poisson Boltzmann surface area, MM-PBSA). Согласно полученным данным, окисление цистеина не оказывает влияния на возможность эстеразной реакции в сайте Садлоу I. Модификация Cys34 изменяет конформацию сайта Садлоу I и положение параоксона в этом сайте, но не влияет на аффинность сайта по отношению к лиганду. Выдвинуто предположение, что такая независимость эффективности связывания от конформации сайта может быть обусловлена небольшими размерами и конформационной подвижностью молекулы параоксона, и такой эффект не будет наблюдаться для более массивных и жестких молекул. Модификация цистеина практически не влияет на конформацию сайта Садлоу II. В окисленной форме альбумина стабилизируется положение молекулы параоксона в продуктивной конформации, то есть увеличивается вероятность реакции фосфорилирования в сайте Садлоу II. Окисление цистеина не оказывает значительного влияния на связывающую активность сайта Садлоу II по отношению к параоксону. Доп.точки доступа: Белинская, Д. А.; Терпиловский, М. А.; Баталова, А. А.; Гончаров, Н. В. Нет сведений об экземплярах (Источник в БД не найден) |
Кирилин, Е. М. Анализ траектории образования промежуточного гликозилфермента в механизме действия нейраминидазы вируса гриппа а методами молекулярного моделирования [] / Е. М. Кирилин, В. К. Швядас // Биохимия. - 2020. - Т. 85, № 4. - С. 567-577 : 5 рис. - Библиогр.: с. 575-577 (29 назв. ). - Зональная научная библиотека имени Ю. А. Жданова Южного федерального университета. - code, bchm. - year, 2020. - to, 85. - no, 4. - ss, 567. - ad, 1. - d, 2020, , 0, y. - RUMARS-bchm20_to85_no4_ss567_ad1 . - ISSN 0320-9725
Рубрики: Биология Общая биохимия Кл.слова (ненормированные): H5N1 -- вируса гриппа А H5N1 -- гликозилфермент -- грипп А H5N1 -- молекулярное моделирование -- нейраминидаза Аннотация: Комплексное использование методов классической молекулярной динамики, симуляции титрования ионизируемых остатков, метадинамики, а также комбинированного метода квантовой механики/молекулярной механики позволило выявить альтернативный путь образования промежуточного гликозилфермента в механизме действия нейраминидазы вируса гриппа А H5N1. Ключевую роль в механизме обеспечивает остаток Asp151, расположенный на подвижной петле и позволяющий реализовать каталитическую функцию фермента в широком интервале pH окружающей среды благодаря формированию сети взаимодействий с молекулами воды. Так как размножение гриппа у птиц проходит в условиях пищеварительной системы при низких значениях pH, а у человека - в дыхательных путях в условиях близких к нейтральным, существование альтернативных путей протекания реакции при разной кислотности среды может опосредовать двойной тропизм вируса и циркуляцию специфических штаммов вируса H5N1, склонных к передаче от птиц к человеку. Доп.точки доступа: Швядас, В. К. Нет сведений об экземплярах (Источник в БД не найден) |
Кирилин, Е. М. Анализ траектории образования промежуточного гликозилфермента в механизме действия нейраминидазы вируса гриппа а методами молекулярного моделирования [] / Е. М. Кирилин, В. К. Швядас // Биохимия. - 2020. - Т. 85, № 4. - С. 567-577 : 5 рис. - Библиогр.: с. 575-577 (29 назв. ). - Зональная научная библиотека имени Ю. А. Жданова Южного федерального университета. - code, bchm. - year, 2020. - to, 85. - no, 4. - ss, 567. - ad, 1. - d, 2020, , 0, y. - RUMARS-bchm20_to85_no4_ss567_ad1 . - ISSN 0320-9725
Рубрики: Биология Общая биохимия Кл.слова (ненормированные): H5N1 -- вируса гриппа А H5N1 -- гликозилфермент -- грипп А H5N1 -- молекулярное моделирование -- нейраминидаза Аннотация: Комплексное использование методов классической молекулярной динамики, симуляции титрования ионизируемых остатков, метадинамики, а также комбинированного метода квантовой механики/молекулярной механики позволило выявить альтернативный путь образования промежуточного гликозилфермента в механизме действия нейраминидазы вируса гриппа А H5N1. Ключевую роль в механизме обеспечивает остаток Asp151, расположенный на подвижной петле и позволяющий реализовать каталитическую функцию фермента в широком интервале pH окружающей среды благодаря формированию сети взаимодействий с молекулами воды. Так как размножение гриппа у птиц проходит в условиях пищеварительной системы при низких значениях pH, а у человека - в дыхательных путях в условиях близких к нейтральным, существование альтернативных путей протекания реакции при разной кислотности среды может опосредовать двойной тропизм вируса и циркуляцию специфических штаммов вируса H5N1, склонных к передаче от птиц к человеку. Доп.точки доступа: Швядас, В. К. Нет сведений об экземплярах (Источник в БД не найден) |
Структурная организация и динамические характеристики участка связывания ингибиторов конформационной перестройки гемагглютинина вируса гриппа H3N2 и H7N9 [] / Д. Д. Подшивалов, Е. М. Кирилин, С. И. Коннов, В. К. Швядас // Биохимия. - 2020. - Т. 85, № 4. - С. 578-586 : 6 рис. - Библиогр.: с. 585-586 (21 назв. ). - Зональная научная библиотека имени Ю. А. Жданова Южного федерального университета. - code, bchm. - year, 2020. - to, 85. - no, 4. - ss, 578. - ad, 1. - d, 2020, , 0, y. - RUMARS-bchm20_to85_no4_ss578_ad1 . - ISSN 0320-9725
Рубрики: Биология Общая биохимия Кл.слова (ненормированные): H3N2 -- H7N9 -- вирус гриппа -- гемагглютинин -- грипп -- компьютерное моделирование -- конформационная перестройка белка -- молекулярное моделирование Аннотация: Для исследования структурной организации и динамических характеристик участка связывания ингибиторов конформационной перестройки белка разработаны компьютерные модели гемагглютинина вирусов гриппа H3N2 и H7N9. Использование метадинамики позволило составить карту свободной энергии данных участков и установить объемы их наиболее энергетически выгодных состояний. При молекулярном моделировании взаимодействия умифеновира (арбидола) с гемагглютинином показано, что для связывания лиганда необходимо увеличение объема и деформация энергетически наиболее выгодного состояния участка связывания ингибиторов конформационной перестройки. Доп.точки доступа: Подшивалов, Д. Д.; Кирилин, Е. М.; Коннов, С. И.; Швядас, В. К. Нет сведений об экземплярах (Источник в БД не найден) |