Влияние степени окисления остатка Сys34 альбумина на взаимодействие белка с параоксоном по данным молекулярного моделирования [] / Д. А. Белинская, М. А. Терпиловский, А. А. Баталова, Н. В. Гончаров // Биоорганическая химия. - 2019. - Т. 45, № 6. - С. 640-649 : 6 рис., 1 табл. - Библиогр.: с. 648-649 (41 назв. ). - Научная библиотека Дагестанского государственного университета. - code, bioc. - year, 2019. - to, 45. - no, 6. - ss, 640. - ad, 1. - d, 2019, , 0, y. - RUMARS-bioc19_to45_no6_ss640_ad1 . - ISSN 0132-3423
Рубрики: Биология Общая биохимия Здравоохранение. Медицинские науки Другие внутренние болезни Кл.слова (ненормированные): Больцмана - Пуассона уравнение -- Пуассона - Больцмана уравнение -- меркаптоальбумин -- молекулярная динамика -- молекулярное моделирование -- параоксон -- свободная энергия связывания -- степень окисления остатка -- сывороточный альбумин человека -- уравнение Больцмана - Пуассона -- уравнение Пуассона - Больцмана Аннотация: Методами молекулярного моделирования исследовали влияние степени окисления свободного цистеина Cys34 альбумина человека на связывающую и каталитическую активность белка по отношению к параоксону. Рассмотренно три модели степени окисления цистеина: 1) Cys34 восстановлен, 2) Cys34 окислен до сульфеновой кислоты и 3) Cys34 окислен до сульфиновой кислоты. Конформационные характеристики комплексов альбумина с параоксоном в сайтах Садлоу I и Садлоу II изучали методом молекулярной динамики. Возможность реакции фосфорилирования оценивали по расстоянию между атомом фосфора параоксона и гидроксильным атомом кислорода каталитических тирозинов сайтов Садлоу I и II. Свободную энергию связывания параоксона с альбумином оценивали методом, сочетающим использование молекулярной механики и решение уравнения Пуассона - Больцмана (molecular mechanics - Poisson Boltzmann surface area, MM-PBSA). Согласно полученным данным, окисление цистеина не оказывает влияния на возможность эстеразной реакции в сайте Садлоу I. Модификация Cys34 изменяет конформацию сайта Садлоу I и положение параоксона в этом сайте, но не влияет на аффинность сайта по отношению к лиганду. Выдвинуто предположение, что такая независимость эффективности связывания от конформации сайта может быть обусловлена небольшими размерами и конформационной подвижностью молекулы параоксона, и такой эффект не будет наблюдаться для более массивных и жестких молекул. Модификация цистеина практически не влияет на конформацию сайта Садлоу II. В окисленной форме альбумина стабилизируется положение молекулы параоксона в продуктивной конформации, то есть увеличивается вероятность реакции фосфорилирования в сайте Садлоу II. Окисление цистеина не оказывает значительного влияния на связывающую активность сайта Садлоу II по отношению к параоксону. Доп.точки доступа: Белинская, Д. А.; Терпиловский, М. А.; Баталова, А. А.; Гончаров, Н. В. Нет сведений об экземплярах (Источник в БД не найден) |